La forma de percibir el entorno natural en la cultura japonesa tiene una importancia caudal. Observando la tradición constructiva vemos como siempre se reserva en la casa un espacio para el jardín. Éste espacio se piensa como una reserva de naturaleza, donde esta se reproduce en su versión más idealizada. Pero no se trata de un idealismo del espacio natural como en los jardines de los palacios renacentistas, barrocos o neoclásicos, sino que se busca reproducir el estado “salvaje” de la naturaleza de una forma controlada, buscando la esencia de ese estado natural, más que una domesticación formal de ésta. Se trata de un espacio pensado para la introspección, una relación personal con el entorno natural.

No es de estañar pues, que el grupo metabolista elija un termino biológico para definirse, acercándose al carácter natural de la arquitectura. Por ese motivo podemos encontrar proyectos como la Helix City de Kisho Kurokawa, que toma la forma de la cadena de ADN, o otros proyectos como el de Tree Shaped Community de Kiyonori Kikutake basado en un sistema de crecimiento en altura en forma de árbol. Pero no solo encontramos referencias formales a la naturaleza, sino que los proyectos metabolistas basan sus sistemas de agregación, movilidad o crecimiento asimilándolos a procesos naturales. Así, la arquitectura metabolista busca nutrirse de la naturaleza para su desarrollo, buscando su esencia, igual que en la casa tradicional japonesa el jardín nutre al habitante para su desarrollo personal.